Γεννήθηκε στο Κόμο της Ιταλίας το 1702 με ευγενή γέννηση. Στην Ισπανία, όπου καταλήγει να εγκαταλείψει τον πόλεμο στην Αυστρία, λαμβάνει ευρείες εξουσίες για να εισπράξει στο Royal Cajas του Μεξικού τη σύνταξη των απογόνων του Moctezuma.
Ταξίδεψε στη Νέα Ισπανία το 1736. Κατά τη διάρκεια των οκτώ ετών της παραμονής του αφιερώθηκε στη διερεύνηση των εμφανίσεων της Παναγίας της Γουαδελούπης, συλλέγοντας σημαντικό γραφικό και εικονογραφικό υλικό. Προωθεί την κορώνα της εικόνας του Guadalupan, η οποία προκαλεί δυσπιστία στις αρχές του viceregal. Κρατείται αιχμάλωτος και η συλλογή του απογυμνώνεται. Μήνες αργότερα, όταν απελάθηκε στην Ισπανία, επιβιβάζεται σε ένα πλοίο που πέφτει στα χέρια των πειρατών που τον εγκαταλείπουν στο Γιβραλτάρ.
Με σπουδαία έργα έφτασε στην Ισπανία και ήρθε σε επαφή με τον συλλέκτη Mariano Fernández de Echeverríay Veytia, ο οποίος πέτυχε την απαλλαγή του να διοριστεί Βασιλικός Χρονογράφος των Ινδιών, μια θέση την οποία ο Boturini απέρριψε για να αφιερωθεί στη συγγραφή της ιστορίας των αυτόχθονων λαών. Αν και δεν ανέκτησε ποτέ τη συλλογή του, έγραψε τον Κατάλογο του Ινδικού Μουσείου. Το έργο του είναι πολύ πρωτότυπο και καλά τεκμηριωμένο. Πέθανε στη Μαδρίτη σε μια αβέβαιη ημερομηνία, μεταξύ 1750 και 1755.
