Το Colegio de San Juan de Letrán ξεκίνησε αποκαλώντας τον εαυτό του "Colegio para mestizos" και δημιουργήθηκε το 1548, με πρωτοβουλία των χερσονήσων Ισπανών, οι οποίοι είδαν αύξηση του αριθμού των mestizos που γεννήθηκαν στη Νέα Ισπανία και χρειάστηκαν εκπαίδευση.
Το Colegio de San Juan de Letrán ξεκίνησε αποκαλώντας τον εαυτό του «Colegio para mestizos» και δημιουργήθηκε το 1548, με πρωτοβουλία των χερσονήσων Ισπανών που είδαν αύξηση του αριθμού των mestizos που γεννήθηκαν στη Νέα Ισπανία και χρειάστηκαν εκπαίδευση.
Προκειμένου να ιδρύσουν αυτό το ίδρυμα, δεν ζήτησαν την άδεια του Viceroy Antonio de Mendoza, αλλά έστειλαν έναν εκπρόσωπο στην Ισπανία για να λάβουν εξουσιοδότηση από τον βασιλιά και ο Don Gregorio de la Pesquera διορίστηκε για την εν λόγω αποστολή. Αυτός ο υπεύθυνος απέκτησε το Βασιλικό Πιστοποιητικό εξουσιοδότησης που εκδόθηκε στις 18 Αυγούστου 1548. Στην αρχή του, το Κολλέγιο απέκτησε ένα παιχνίδι 600 χιλιάδων πέσος από εξόρυξη, ιδιωτικές συνεισφορές και ελεημοσύνη.
Ήταν επικεφαλής τριών ιερέων: ένας πρύτανης και δύο σύμβουλοι, ο πρύτανης θα μπορούσε να διαρκέσει ένα χρόνο στη θέση του και στη συνέχεια οι άλλοι δύο θα μπορούσαν να καταλάβουν το ρεκτορείο. Διαβάζοντας, διδάχθηκε χριστιανικό δόγμα και αργότερα οι πιο προχωρημένοι φοιτητές ενθαρρύνθηκαν να πάνε στο πανεπιστήμιο.
Το σχολείο μειώθηκε στα τέλη του 18ου αιώνα, επέζησε μέχρι την Ανεξαρτησία και το 1821 έλαβε μεγάλη ώθηση, αλλά τελικά εξαφανίστηκε το 1857. Βρίσκεται στην παλιά Calle de San Juan de Letrán μεταξύ της σημερινής Calle Venustiano Carranza και του Madero στο πεζοδρόμιο Αντιμετωπίζει ανατολικά μπροστά από το μοναστήρι του Σαν Φρανσίσκο που καταλάμβανε ολόκληρο τον δρόμο.
