Η κατάκτηση της Οαχάκα ήταν σχετικά ειρηνική, καθώς οι άρχοντες των Ζαπόττεκ και των Μιξτέκ πίστευαν ότι θα βρουν στους Ευρωπαίους τους συμμάχους που χρειάζονταν για να νικήσουν τους Αζτέκους.
Από την άλλη πλευρά, άλλες ομάδες όπως οι Zapotecs της Sierra, οι Chontales και ειδικά οι Mixes αντιστάθηκαν και πραγματοποίησαν μια συνέχεια των εξεγέρσεων. Με το θρίαμβό τους και ακόμα τον δέκατο έκτο αιώνα, οι Ισπανοί αφαίρεσαν τους ιθαγενείς της γης τους, νομιμοποιώντας αυτήν την ενέργεια μέσω εγκωμιάδων, mercedes και διαιρέσεων που έδωσε ο βασιλιάς, περιγράφοντας έτσι, από την αρχή της ισπανικής κατάκτησης, την ανισορροπία και ανισότητα που θα επικρατούσε μεταξύ της ισπανικής και της αυτόχθονης κοινωνίας.
Οι καταχρήσεις από τους αποικιοκράτες ήταν τόσο άφθονοι που ένα μεγάλο μέρος του έργου που πραγματοποίησαν οι δύο Audiencias και Viceroy Antonio de Mendoza είχαν ως στόχο τον περιορισμό της δύναμης του Marquis του Valle de Oaxaca, του Hernán Cortés και της εγκυμοσύνης. Έτσι πρότειναν να ενισχυθεί η βασιλική εξουσία και γι 'αυτό εκδόθηκαν οι νέοι νόμοι (1542) και δημιουργήθηκε μια περίπλοκη διοίκηση. Το καθήκον του ευαγγελισμού στην περιοχή Mixtec και Zapotec ήταν το έργο της Δομινικανής τάξης που δημιούργησε, με βασικά ιθαγενή έργα, πολυτελείς εκκλησίες και μοναστήρια στους χώρους όπου συγκεντρώθηκαν τα μεγάλα πληθυσμιακά κέντρα, όπως η πόλη Antequera, Yanhuitián και Cu غلطي. .
Η πνευματική κατάκτηση ήταν πιο ριζοσπαστική και βίαιη από τη στρατιωτική κατάκτηση. Για να διατηρήσουν τον έλεγχο του πληθυσμού, οι κατακτητές διατήρησαν, με τροποποιήσεις, ορισμένες γηγενείς δομές με τέτοιο τρόπο ώστε μερικοί από τους αρχηγούς της κοιλάδας Oaxaca και της Mixteca Alta κατάφεραν να διατηρήσουν τα αρχαία προνόμια και ιδιότητες. Αντ 'αυτού, για να μετατρέψουν τους λαούς της Αμερικής σε χριστιανισμό, οι ιεραπόστολοι προσπάθησαν να καταστρέψουν οποιοδήποτε ίχνος της θρησκείας του προ-ισπανικού κόσμου.
Παρά τη δημογραφική μείωση του γηγενή πληθυσμού, που προκλήθηκε από επιδημίες και κακομεταχείριση, ο 16ος αιώνας ήταν μια οικονομική ανάπτυξη λόγω της εισαγωγής νέων τεχνικών, καλλιεργειών και ειδών. Στο Mixteca, για παράδειγμα, επιτεύχθηκαν καλά κέρδη από την εκμετάλλευση μεταξοσκωλήκων, βοοειδών και σίτου. Η ανάπτυξη της αστικής αγοράς και των ορυχείων συνέβαλε σε αυτήν την ανάπτυξη.
Ωστόσο, αυτή η ευημερία διακόπηκε από τα προβλήματα που αντιμετώπισε η εξόρυξη από το 1590. Το εμπόριο μεταξύ Σεβίλλης και Αμερικής μειώθηκε και η μείωση του πληθυσμού προκάλεσε τη μείωση της κατανάλωσης των πόλεων και το εργατικό δυναμικό μειώθηκε στην ελάχιστη έκφρασή του.
Τον δέκατο έβδομο αιώνα, εκείνο της οικονομικής ύφεσης ήταν όταν καθορίστηκαν οι αποικιακές δομές, ενοποιήθηκε το καθεστώς κυριαρχίας και δημιουργήθηκαν οι μηχανισμοί μιας εξαρτημένης οικονομίας. Η εφαρμογή ενός μονοπωλιακού και κεντρικού εμπορικού συστήματος εμπόδισε την περιφερειακή οικονομική ανάπτυξη, με αποτέλεσμα οι περιοχές τόσο πλούσιες όσο η κοιλάδα της Οαχάκα να προσανατολίσουν την οικονομία τους προς αυτάρκεια παρά τη σημασία της παραγωγής και του εμπορίου κακάου, ινδικού και κοχινικού. .
Ήδη στο δεύτερο μισό του δέκατου έβδομου αιώνα, η οικονομία της Νέας Ισπανίας άρχισε να βελτιώνεται: η παραγωγή εξόρυξης είχε ανάκαμψη, το εμπόριο με την Κεντρική Αμερική και το Περού επέτρεψε και πάλι, και ο αυτόχθονες πληθυσμός άρχισαν να ανακάμπτουν. Μέχρι εκείνη τη στιγμή, οι Ισπανοί που ζούσαν στο Mixteca και στην κοιλάδα της Oaxaca αφιερώθηκαν στην εκτροφή βοοειδών σε μεγάλες αναλογίες και οι haciendas συνδύασαν με επιτυχία την παραγωγή σιταριού και καλαμποκιού με την εκτροφή βοοειδών. Η οικονομία της αποικίας αναδιαρθρώθηκε μεταξύ 1660 και 1692, θέτοντας τα θεμέλια για τον αιώνα του Διαφωτισμού.
Η Νέα Ισπανία μεγαλώνει και ευδοκιμεί στην εποχή του Διαφωτισμού. Η περιοχή διπλασιάζεται, ο πληθυσμός τριπλασιάζεται και η αξία της οικονομικής παραγωγής είναι εξαπλάσια. Το καλύτερο παράδειγμα αυτών των εξελίξεων παρατηρείται στη μεταλλεία, έναν κεντρικό οικονομικό άξονα που, ενώ εξακολουθούσε να υποδουλώνει, από το να λειτουργήσει 3.300.000 πέσος το 1670 σε 27.000.000 το 1804.
Η χλιδή της Νέας Ισπανίας εκδηλώνεται στην έντονη κατασκευαστική δραστηριότητα και ξεχειλίζει στη μεγαλοπρέπεια του μπαρόκ, τότε στην Αντεκέρα έχτισαν, μεταξύ άλλων, το Παρεκκλήσι του Ροδαρίου της Εκκλησίας του Σάντο Ντομίνγκο, την Εκκλησία του Soledad, San Agustín και Consolación.
Ο 18ος αιώνας ήταν ο αιώνας εκσυγχρονισμού των πολιτικών και οικονομικών μεταρρυθμίσεων που ανέλαβαν οι βασιλιάδες του Μπορμπόν.
Μέχρι το 1800, το Μεξικό είχε γίνει μια χώρα με εξαιρετικό πλούτο, αλλά και ακραία φτώχεια, η πλειονότητα του πληθυσμού ήταν προσκολλημένη στους χατσιέντες και τις κοινότητες, κακοποιήθηκε στους χώρους εργασίας, υποδουλώθηκαν στα ορυχεία και τους μύλους, χωρίς ελευθερία, χωρίς χρήματα. και χωρίς καμία πιθανότητα να βελτιωθεί.
Οι χερσόνησοι Ισπανοί μονοπωλούν την πολιτική και οικονομική δύναμη. Τέτοιες συνθήκες κοινωνικής, οικονομικής και πολιτικής ανισότητας συσσωρεύουν εντάσεις και δυσαρέσκεια. Από την άλλη πλευρά, ο αντίκτυπος γεγονότων όπως η Γαλλική Επανάσταση, η ανεξαρτησία των Ηνωμένων Πολιτειών και η Αγγλική Βιομηχανική Επανάσταση συγκλονίζει τις αμερικανικές συνειδήσεις και η ιδέα της Ανεξαρτησίας της Νέας Ισπανίας αρχίζει να διαμορφώνεται στα Κρεόλια.
