Ο Hidalgo έφυγε για Aguascalientes και κατευθύνθηκε προς Zacatecas. Εδώ αποφασίστηκε ότι οι κύριοι ηγέτες, με τα καλύτερα στρατεύματα και τα χρήματα, έφυγαν για τις Ηνωμένες Πολιτείες.
Ήδη στο δρόμο, αιχμαλώτισαν οι βασιλικοί στις 21 Μαρτίου στο Norias del Baján ή στο Acatita del Baján. Ο Hidalgo μεταφέρθηκε στη Monclova, από εκεί έφυγε στις 26 Μαρτίου μέσω των Alamo και Mapimí και στις 23 εισήλθε στο Chihuahua. Στη συνέχεια σχηματίστηκε η διαδικασία και στις 7 Μαΐου ελήφθη η πρώτη δήλωση. Ο εκκλησιαστικός χαρακτήρας του Hidalgo προκάλεσε την καθυστέρηση της διαδικασίας του περισσότερο από αυτή των συντρόφων του.
Η ποινή υποβιβασμού εκδόθηκε στις 27 Ιουλίου και στις 29 Ιουλίου εκτελέστηκε στο Βασιλικό Νοσοκομείο όπου φυλακίστηκε ο Hidalgo. Το Συμβούλιο του Πολέμου καταδίκασε τον κρατούμενο να τεθεί σε όπλα, όχι σε δημόσιο χώρο όπως οι σύντροφοί του και να τον πυροβολήσει στο στήθος και όχι στην πλάτη, διατηρώντας έτσι το κεφάλι του. Ο Hidalgo άκουσε την πρόταση ήρεμα και ετοιμάστηκε να πεθάνει.
Η τελευταία του μέρα έχει περιγραφεί ως εξής: «Πίσω στη φυλακή του, του πρόσφεραν πρωινό σοκολάτας, και αφού το πήρε, ικέτευσε ότι αντί για νερό να σερβίρεται ένα ποτήρι γάλα, το οποίο τελείωσε με μια εξαιρετική εμφάνιση όρεξης και ευχαρίστησης. Μια στιγμή αργότερα του είπαν ότι ήρθε η ώρα να πάμε στα βασανιστήρια. Το άκουσε χωρίς αλλαγή, σηκώθηκε και δήλωσε ότι ήταν έτοιμος να φύγει. Στην πραγματικότητα, βγήκε από τον φρικτό κύβο στον οποίο ήταν, και έχοντας προχωρήσει δεκαπέντε ή είκοσι βήματα από αυτό, σταμάτησε για μια στιγμή, επειδή ο αξιωματικός της φρουράς του είχε ρωτήσει εάν του προσφέρθηκε κάτι για να το πετάξει. Σε αυτό απάντησε ναι, ότι ήθελε να του φέρουν κάποια γλυκά που είχε αφήσει στα μαξιλάρια του: πράγματι τα έφεραν, και αφού τα μοιράστηκαν μεταξύ των ίδιων στρατιωτών που έκαναν φωτιά σε αυτόν και βαδίζονταν πίσω του, τον ενθάρρυνε και τους παρηγόρησε με τη συγχώρεση του και τα πιο γλυκά του λόγια για να κάνουν τη δουλειά τους. Και καθώς ήξερε πολύ καλά ότι του είχε ζητηθεί να μην πυροβολήσει το κεφάλι του, και φοβόταν ότι θα υποφέρει πολύ, επειδή ήταν ακόμα λυκόφως και τα αντικείμενα δεν φαίνονται καθαρά, κατέληξε λέγοντας: «Το δεξί χέρι που θα βάλω στο στήθος μου θα είναι παιδιά μου, ο ασφαλής στόχος στον οποίο πρέπει να πάτε ».
«Ο πάγκος των βασανιστηρίων είχε τοποθετηθεί εκεί σε ένα εσωτερικό μαντρί του σχολείου, σε αντίθεση με αυτό που έγινε με τους άλλους ήρωες, που εκτελέστηκαν στη μικρή πλατεία πίσω από το εν λόγω κτίριο, και όπου βρίσκεται το μνημείο σήμερα. που μας θυμίζει αυτόν, και το νέο εμπορικό κέντρο που έφερε το όνομά του. και όταν ο Hidalgo γνώριζε τον τόπο στον οποίο απευθύνεται, βαδίζει με ένα σταθερό και γαλήνιο βήμα, και χωρίς να αφήνει τα μάτια του να κλείσουν τα μάτια, προσεύχεται με μια δυνατή και ένθερμη φωνή τον ψαλμό Miserere me. Έφτασε στο ικρίωμα, τον φίλησε με παραίτηση και σεβασμό, και παρά τις διαφορές που δεν τον έκανε να καθίσει με την πλάτη του, γύρισε το κάθισμα στραμμένο προς τα εμπρός, έβαλε το χέρι του στην καρδιά του, υπενθύμισε στους στρατιώτες ότι αυτό ήταν το σημείο όπου πρέπει να τον πυροβολήσουν, και μια στιγμή αργότερα το βόλεϊ πέντε τουφεκιών εξερράγη, ένα εκ των οποίων τρυπήθηκε αποτελεσματικά το δεξί χέρι χωρίς να τραυματίσει την καρδιά. Ο ήρωας, σχεδόν ανυπόμονος, τέντωσε την προσευχή του και οι φωνές τους σιγήθηκαν όταν πυροβολήθηκαν και άλλα πέντε τουφέκια, των οποίων οι σφαίρες, περνώντας το σώμα, έσπασαν τους δεσμούς που τον έδεσαν στον πάγκο και ο άντρας έπεσε σε μια λίμνη αίματος, δεν είχε πεθάνει ακόμα. χρειάστηκαν τρεις ακόμη σφαίρες για να τερματιστεί αυτή η πολύτιμη ύπαρξη, η οποία σεβόταν τον θάνατο για περισσότερα από 50 χρόνια.
Το κεφάλι του, με εκείνα του Allende, του Aldama και του Jiménez, τοποθετήθηκαν σε σιδερένια κλουβιά στις γωνίες του Alhóndiga de Granaditas στο Guanajuato. Το σώμα θάφτηκε με την τρίτη σειρά του Σαν Φρανσίσκο ντε Τσιουάουα, και το 1824 ο κορμός και το κεφάλι μεταφέρθηκαν στο Μεξικό, για να ταφούν με μεγάλη υπευθυνότητα.
