Ο αποικισμός αυτών των μακρινών εδαφών επιτεύχθηκε χάρη στην αμετάβλητη βούληση και την ακούραστη δουλειά μιας ομάδας Ιησουιτών ιεραποστόλων που, γνωρίζοντας ότι οι κατακτητές δεν μπόρεσαν να υποτάξουν τους αυτόχθονες, αποφάσισαν να τους φέρουν το ευαγγέλιο, επιτυγχάνοντας έτσι με τη λέξη τι που δεν είχε επιτευχθεί με όπλα.
Έτσι, στο τέλος του 17ου αιώνα, με την ενθουσιώδη πρωτοβουλία του Ιησουίτη Eusebio Kino, ο οποίος έλαβε από τις ισπανικές αρχές άδεια να ξεκινήσει την αποστολή του Ναύαρχου Isidro Atondo y Antillón, οι ιεραπόστολοι έφτασαν σε αυτό που τότε πιστεύεται ότι είναι νησί, για να ευαγγελίσει τους άθικτους κατοίκους του. Για να δώσει άδεια, το Στέμμα είχε θέσει ως προϋπόθεση ότι η κατάκτηση θα πραγματοποιηθεί στο όνομα του Βασιλιά της Ισπανίας και ότι οι ίδιοι οι ιεραπόστολοι θα αποκτήσουν τους πόρους για την εκτέλεση της ανάληψης.
Η πρώτη αποστολή, η Santa María de Loreto, ιδρύθηκε το 1697 από τον πατέρα José María Salvatierra, ο οποίος ήταν στο Tarahumara, και τον οποίο ο πατέρας Kino πρότεινε να πραγματοποιήσει το μεγάλο έργο. Η Santa María de Loreto ήταν για πάνω από εκατό χρόνια την πολιτική, οικονομική και θρησκευτική πρωτεύουσα των Καλιφορνέζων.
Κατά τη διάρκεια των επόμενων τριών τετάρτων ενός αιώνα, οι ιεραπόστολοι ίδρυσαν μια αλυσίδα δεκαοκτώ υπέροχων φρουρίων, που συνδέονται με τον λεγόμενο «βασιλικό δρόμο» που έχτισαν οι ίδιοι, συνδέοντας την περιοχή Los Cabos, στα νότια της χερσονήσου, με τα τρέχοντα σύνορα με τα γείτονας στα βόρεια · Αυτό ήταν δυνατό επειδή μεταξύ των ιεραποστόλων υπήρχαν θρησκευόμενοι με γνώση των κατασκευών και της υδραυλικής μηχανικής.
Από αυτές τις τρομερές κατασκευές, κάποια σώζονται σε άριστη κατάσταση, όπως το San Ignacio, ένα από τα πιο όμορφα και καλύτερα διατηρημένα, που χτίστηκε από τον πατέρα Juan Bautista Luyando το 1728. εκείνο του Σαν Φρανσίσκο Χαβιέ, που ιδρύθηκε το 1699, το οποίο αποτελείται από ένα ταπεινό παρεκκλήσι και ένα σπίτι ιερέα που χτίστηκε από τον Fray Francisco María Piccolo. το σημερινό κτίριο χτίστηκε το 1774 από τον πατέρα Miguel Barco, και λόγω της όμορφης αρχιτεκτονικής του έχει θεωρηθεί "το στολίδι των αποστολών της Baja California Sur". αυτή της Santa Rosalía de Mulegé, που ιδρύθηκε το 1705 από τον πατέρα Juan María Basaldúa, 117 χιλιόμετρα βόρεια του Loreto, ήταν μια από τις καλύτερες τοποθεσίες, καθώς χτίστηκε σε μια όαση δίπλα στη θάλασσα.
Οι αποστολές συνδύασαν την ομορφιά της αρχιτεκτονικής και τον πλούτο της διακόσμησης με ένα πρακτικό περιβάλλον, το οποίο επέτρεψε τη δημιουργία μόνιμων οικισμών γύρω τους. Οι ιεραπόστολοι όχι μόνο ευαγγελία τους ιθαγενείς, αλλά τους δίδαξαν να κάνουν την έρημο καρποφόρα με φοίνικες. εισήγαγαν τα ζώα και την καλλιέργεια καλαμποκιού, σιταριού και ζαχαροκάλαμου. Κατάφεραν να κάνουν τη γη να παράγει οπωροφόρα δέντρα όπως αβοκάντο και σύκα, και προκειμένου να συμμορφωθούν με τις θρησκευτικές τελετές που απαιτούσαν κρασί και λάδι, έλαβαν άδεια να καλλιεργήσουν το αμπέλι και την ελιά, η οποία απαγορεύτηκε στην υπόλοιπη Νέα Ισπανία, και χάρη σε αυτό σήμερα, παράγονται εξαιρετικά κρασιά και ελαιόλαδο στην περιοχή. Και αν όλα αυτά δεν ήταν αρκετά, εισήγαγαν επίσης τους πρώτους τριανταφυλλιές που άνθισαν σε αυτά τα εδάφη και που σήμερα κοσμούν τα πάρκα και τους κήπους ολόκληρης της χερσονήσου.
