Τα αρχαιολογικά ερείπια του Ixtépete, ένα τελετουργικό κέντρο κοντά στην πόλη Guadalajara του δήμου Zapopan και τα πρόσφατα ευρήματα περισσότερων από είκοσι τάφων άξονα στην κοιλάδα Atemajac, μας επιτρέπουν να συμπεράνουμε ότι υπήρχαν σημαντικά επαγγέλματα κατά την κλασική περίοδο (200 Π.Χ.-650 μ.Χ.)
Λίγο πριν από την κατάκτηση, η κοιλάδα κατοικήθηκε ως επί το πλείστον από ομάδες Cocas και Tecuexes, που συγκεντρώθηκαν σε μικρά χωριά που εξαρτώνται από την κυριαρχία του Tonallan, τα οποία υποβλήθηκαν χωρίς μεγάλη αντίσταση από τον Nuño Beltrán de Guzmán το 1530.
Στο τέλος του επόμενου έτους, ο Guzmán ανέλαβε την κατάκτηση προς τα βόρεια, εμπιστεύοντας τον Juan de Oñate να διασχίσει τη χαράδρα του ποταμού Santiago και όσο το δυνατόν περισσότερο, αλλά με σύνεση, βρήκε έναν ισπανικό πληθυσμό χωρίς να εκθέσει τον εαυτό του. Έτσι στις 5 Ιανουαρίου 1532 κοντά στο Nochistlán, στα σημερινά Zacatecas, ιδρύθηκε η Γκουανταλαχάρα.
Οι συνθήκες που είναι δυσμενείς για τους εποίκους προκάλεσαν τη μεταφορά αυτής της πόλης στα Τονάλα, αλλά η διαμονή εκεί ήταν βραχύβια και λίγο μετά την εγκατάσταση των Ισπανών κοντά στο Tlacotan, όπου παρέμειναν μέχρι το 1541. Η εξέγερση των καξών που είναι γνωστός ως ο πόλεμος του Mixtón, ο οποίος Έβαλε τον ισπανικό κανόνα σε σοβαρό κίνδυνο, έφτασε στα περίχωρα της Γκουανταλαχάρα. Με την εξέγερση που κατέβαλε «από τη φωτιά και το αίμα» από τον ισχυρό στρατό με επικεφαλής τον Βικέρυο Αντόνιο ντε Μεντόζα, η πόλη έφτασε στην ειρήνη αλλά έμεινε χωρίς αυτόχθονες εργασίες, οπότε, αναζητώντας την, αποφάσισαν να μετακινήσουν τον πληθυσμό, βρίσκοντας επαρκή Valle de Atemajac, όπου έγινε το τελευταίο και οριστικό ίδρυμα στις 14 Φεβρουαρίου 1542. Αργότερα, τα νέα επιβεβαιώθηκαν ότι, σχεδόν τρία χρόνια πριν, ο βασιλιάς της είχε παραχωρήσει την τάξη και τα προνόμια της πόλης.
Το 1546 ο Πάπας Παύλος Γ΄ δημιούργησε την Επισκοπή της Νουέβα Γαλικίας και το 1548 ιδρύθηκε το Audiencia με το ίδιο όνομα. Η έδρα και των δύο δικαιοδοσιών ήταν, αρχικά στην Κομποστέλα, Τέπιτς, έως το 1560 διατάχθηκε η αλλαγή της σε Γκουανταλαχάρα, καθιστώντας έτσι το δικαστικό αρχηγό του τεράστιου εδάφους και στη συνέχεια ονομάστηκε Audiencia της Γκουανταλαχάρα, την πρωτεύουσα του Βασιλείου της Νιούβα Γαλικία και έδρα της Επισκοπής. Καθώς κάθε ισπανική πόλη τραβήχτηκε σαν σκακιέρα από την πλατεία του Σαν Φερνάντο και επίσης όπως ήταν το έθιμο, οι γηγενείς γειτονιές των Mexicaltzingo, Analco και Mezquitán έμειναν εκτός σχεδίου. Η διαδικασία ευαγγελισμού ξεκίνησε από τους Φραγκισκανούς και ακολούθησαν οι Αυγουστίνοι και οι Ιησουίτες.
Σταδιακά, με δυσκολίες και οπισθοδρομήσεις αλλά και με επιτυχία, η Γκουανταλαχάρα μεγάλωσε και καθιερώθηκε ως ένα κέντρο οικονομικής και εξουσίας, τόσο πολύ που στα μέσα του 18ου αιώνα ένας σημαντικός αριθμός πλούσιων ανθρώπων από τη Γκουανταλαχάρα ήθελε η Nueva Galicia με τη Nueva Vizcaya να ενσωματώσει μια εντελώς ξένη εκπροσώπηση. στη Νέα Ισπανία, ένας στόχος δεν επιτεύχθηκε επειδή οι πολιτικές-διοικητικές μεταρρυθμίσεις του 1786 ήταν στην πόρτα, οι οποίες τροποποίησαν την εδαφική δομή, χωρίζοντας ολόκληρη την εκπροσώπηση σε 12 δήμους, ένας εκ των οποίων ήταν η Γκουανταλαχάρα.
Κατά την αποικία, ειδικά τον 18ο αιώνα, η οικονομική άνθηση άφησε μια αρχιτεκτονική, πολιτιστική και καλλιτεχνική κληρονομιά, οι μαρτυρίες της οποίας παραμένουν σε όλη την πόλη.
Οι υπέρ της ανεξαρτησίας αέρες που έτρεχαν σε όλη την επικράτεια της Νέας Ισπανίας διείσδυσαν στο Jalisco, έτσι ώστε όταν ξέσπασε ο Πόλεμος της Ανεξαρτησίας σε διάφορα μέρη του Δήμου, υπήρξαν εξεγέρσεις.
Στις 26 Νοεμβρίου 1810, ο Don Miguel Hidalgo, που διοικούσε μεγάλο στρατό, μπήκε στη Γκουανταλαχάρα και τον δέχτηκε ο Χοσέ Αντόνιο Τόρες, ο οποίος λίγο πριν είχε καταλάβει την πόλη. Ο Hidalgo εξέδωσε εδώ ένα διάταγμα για την κατάργηση της δουλείας, της σφραγίδας και των αλκαμπάλα, και χρηματοδότησε την εκτύπωση της αντάρτικης εφημερίδας El Despertador Americano.
Στις 17 Ιανουαρίου 1811, οι αντάρτες ηττήθηκαν στη γέφυρα Καλντερόν και τα βασιλικά στρατεύματα της Καλέγια ανέκτησαν τη Γκουανταλαχάρα, αναλαμβάνοντας την εντολή Χοσέ ντε λα Κρουζ, ο οποίος μαζί με τον Επίσκοπο Καμπίνας, εξάλειψε κάθε ξέσπασμα εξέγερσης.
Ανακηρύχθηκε ανεξαρτησία το 1821, ανεγέρθηκε το ελεύθερο και κυρίαρχο κράτος της Jalisco, αφήνοντας τη Γκουανταλαχάρα ως πρωτεύουσα του κράτους και έδρα εξουσιών.
Η αστάθεια που επικράτησε σχεδόν καθ 'όλη τη διάρκεια του δέκατου ένατου αιώνα στη χώρα, που επιδεινώθηκε από ξένες εισβολές, το έκανε δύσκολο, αλλά δεν εμπόδισε το κράτος και ιδιαίτερα στην πρωτεύουσα του να συνεχίσει την ανάπτυξη με διάφορες τάξεις. Απτά παραδείγματα είναι: στο δεύτερο τέταρτο του αιώνα, η δημιουργία του Ινστιτούτου Κρατικών Επιστημών. την κατασκευή της Σχολής Τεχνών και Χειροτεχνίας, του Βοτανικού Κήπου, του Σωφρονιστηρίου και του Πάνθεον της Βηθλεέμ, καθώς και το άνοιγμα των πρώτων εργοστασίων.
Στις αρχές της δεκαετίας του '80 εμφανίστηκαν αστικά τραμ έλξης ζώων, το ηλεκτρικό φως εγκαταστάθηκε το 1884, το 1888 έφτασε ο πρώτος σιδηρόδρομος στο Μεξικό και αυτός στο Manzanillo το 1909. Στη δεκαετία του '90, ο Don Mariano Bárcena ίδρυσε το Αστρονομικό Παρατηρητήριο και το Βιομηχανικό Μουσείο.
Κατά τη διάρκεια της επανάστασης, στη Γκουανταλαχάρα υπήρξαν κάποιες πράξεις εξέγερσης ενάντια στη δικτατορία του Ντιά, όπως οι απεργίες των εργαζομένων και οι διαμαρτυρίες των φοιτητών, και η Μαντέρο έγινε δεκτή ακόμη και το 1909 και το 1910 με μεγάλες εκφράσεις συμπάθειας. Ωστόσο, δεν υπήρξαν πολεμικά γεγονότα του επακόλουθου. Από την άλλη πλευρά, η πρωτεύουσα της Γκουανταλαχάρα υπέστη ένα είδος στασιμότητας που έληξε το 1930 μόλις συμφωνήθηκε η ειρήνη που έσπασε ο πόλεμος Κριστέρος, ξεκινώντας μια επιθυμία για εκσυγχρονισμό που δεν έχει τελειώσει.
Δείτε επίσης αποικιακές πόλεις: Γκουανταλαχάρα, Jalisco
